EPISÓDIO 01 - Vortex
Clark salva Lana do tornado, que fica agradecida mas sem entender os que meios ele usou para isso. Depois disso, ele descobre que a nave e seu pai desapareceram e parte em busca deles. Soterrado junto com Jonathan, o abominável jornalista ainda luta por contar o segredo de Clark. Sentido-se culpado por ter contratado o jornalista, Lex ajuda Clark na busca. Após a cirurgia, Lionel Luthor descobre que ficou cego.

EPISÓDIO 02 - Heat
Smallville HighScool ganha uma nova professora, Desiree Atkins, que tem o poder de persuadir todos os homens da cidade, exceto Clark. Ela convence Lex a se casar com ela e depois disso tenta fazer Jonathan matar Lex. Clark terá de aprender a lidar com seu novo poder e impedir Desiree de dominar a cidade.

EPISÓDIO 03 - Duplicity
Ao socorrer um homem que sofreu um acidente, Pete descobre a nave de Clark perdida na tempestade. Pete começa a desconfiar das atitudes de Clark deixando-o sem alternativa a não ser contar toda a verdade. Ao saber de tudo, Pete fica enfurecido e assustado.

EPISÓDIO 04 - Red
Clark vira o vilão da história quando se depara com a Kryptonita vermelha, que afeta diretamente seu lado psicológico e deixa-o totalmente fora de controle. Ele bate em seu pai, rejeita os amigos, rouba o cartão de crédito de seus pais, e até beija Lana e convida-a para um encontro. Mas no encontro ele arruma confusão, bate em vários homens no bar e acaba dando em cima de Jessy, uma garota nova na cidade que guarda um segredo. Agora os pais de Clark e Pete tem que impedí-lo antes que machuque mais alguém ou conte acabe revelando seu segredo.

EPISÓDIO 05 - Nocturne
Lana ganha um admirador secreto que deixa bilhetes românticos no túmulo dos pais dela. Clark fica preocupado e adverte que tome cuidado. Lana por sua vez não dá ouvidos achando que ele está com ciúmes e acaba seguindo o rapaz. Ela descobre que o tal admirador, Biron, vive trancado no porão de sua casa. Sem saber que ele é perigoso se em contato com a luz do dia, acabam libertando-o e deixando todos em perigo. Enquanto isso, Martha Kent aceita a proposta de Lionel Luthor e vira sua funcionária.

EPISÓDIO 06 – Redux
Chrissy Parker está matando estudantes mais velhos para que seu processo de envelhecimento diminua. O pai de Martha, William Clark, vem para Smallville após vinte anos. Lana descobre fotos de sua mãe com um homem misterioso.

EPISÓDIO 07 - Lineage
Rachael Dunleavy chega à Smallville afirmando com convicção ser mãe biológica de Clark, dizendo que seu nome é Lucas e que ele seria filho de Lionel Luthor e sendo assim irmão de Lex. Ao receber o aviso dos Kent para ficar longe de Clark, ela sequestra Lex e chantageia Lionel a contar toda verdade. Enquanto isso, Lana também procura seu pai biológico, mas o primeiro encontro deles é um tanto desastroso.

EPISÓDIO 08 - Ryan
Ryan James, o garotinho perdido que pode ler mentes do episódio "Stray", liga para Clark pedindo ajuda para sair do Instituto de Pesquisas Summerholt em Metrópolis para pesquisas. Clark tem que encontrá-lo e ajudá-lo a curar as terríveis dores de cabeça que ele vem sofrendo. Ao mesmo tempo, Lana decide morar com Chloe quando sua tia decide se casar e ir morar em Metrópolis.

EPISÓDIO 09 - Dichotic
Ian Randall tem um lado estranho e aparentemente um dom interessante: consegue se dividir em dois. Por este dom, participa de diversas atividades e sai com Lana e Chloe ao mesmo tempo. Clark tenta alertá-las mas como sempre é mal compreendido.

EPISÓDIO 10 - Skinwalker
Clark descobre por acidente escritas numa caverna indígena que parecem ser similares à sua história. Ele encontra Kyla, uma garota misteriosa que procura desvendar as escritas da caverna. Ela acredita que, segundo a mensagens da caverna surgirá do céu um homem que terá vários poderes e está predestinado a ficar com a Princesa do seu povo. Imediatamente Clark se une a Kyla para proteger a caverna.

EPISÓDIO 11 - Visage
Tina Greer reaparece e continua com sua obcessão por Lana, mas dessa vez ela não quer matá-la e tomar sim seu lugar. Ela se passa por Whitney e ao descobrir que Lana não mais gosta de Withney e agora seu interesse é em Clark, ela tenta matar Clark colocando o colar de kryptonita de Lana em seu pescoço e vai ao encontro de Lana. Enquanto isso, Helen termina com Lex quando ele mostra a ela fotos em que ela se encontra com Lionel.

EPISÓDIO 12 - Insurgence
É aniversário de Martha e Jonathan quer lhe fazer uma surpresa, mas esta vai por água abaixo quando seu chefe, Lionel Luthor, resolve não dar o dia de folga, chamando-a para trabalhar em Metrópolis. Mas Lex descobre câmera em casa e manda investigar seu pai em Metrópolis. A situação ficará muito grave quando os supostos detetives enviados por Lex, resolvem se revelar ladrões e acabam mantendo Lionel e Martha como reféns.

EPISÓDIO 13 - Suspect
Lionel Luthor é baleado em sua mansão. Todas as provas apontam para Jonathan, que acaba sendo preso e Clark não sabe como provar sua inocência.

EPISÓDIO 14 - Rush
Chloe e Pete vão à uma festa Have nas cavernas Kawatche, e se deparam com um parasita que quando no corpo da vítima causam um efeito de desinibição e revolta. Lex manda um especialista em hieroglifos examinar a caverna a fim de descobrir o significado das escrituras na caverna, deixando Clark um tanto preocupado. Clark finalmente convida Lana para um encontro, que aceita sem hesitar. Mas o encontro é estragado quando os dois contaminados Pete e Chloe dão á Clark uma pedra de Kryptonita vermelha. Os três saem a fazer loucuras e acabam magoando Lana.

EPISÓDIO 15 - Prodigal
Lex finalmente encontra Lucas Luthor, seu irmão perdido. Ele não nega ser um Luthor, demonstrando que tem a maldade no sangue. Descobre que Lionel não está fingindo ser cego hà algum tempo e tenta tomar conta dos negócios da família, fazendo Lionel expulsar Lex da mansão o que faz com que ele se obrigue a pedir asilo aos Kent.

EPISÓDIO 16 - Fever
Martha e Clark ficam são diagnosticados com uma doença desconhecida. O segredo de Clark corre perigo quando os médicos vêem seu sangue no hospital. Enquanto isso, Lex pergunta a Helen se ela quer morar com ele.

EPISÓDIO 17 - Rosetta
Clark começa a ter sonhos estranhos e acorda em lugares estanhos tão estranhos quanto. Numa das vezes ele coloca o disco octagonal num lugar da caverna e tem uma grande descarga de informações. Clark descobre um pesquisador Dr. Virgil Swann, (ator convidado Christopher Reeve) que julga saber sobre sua origem. Clark decide ir atrás dele e descobre muitas coisas sobre ele mesmo. Inclusive o nome de seu planeta natal: Krypton.

EPISÓDIO 18 - Visitor
Um novo aluno na escola parece ter o dom da cura. Ele acredita ser um alienígena e que precisa enviar um sinal ao seu planeta natal para que eles o levem para casa. Clark será o único que tentará ajudá-lo enquanto uma turma de rapazes da escola o importunará.

EPISÓDIO 19 - Precipice
Clark perde a razão quando um garoto tenta machucar Lana. Por conta disso, Clark enfrenta uma ação judicial. Enquanto ele questiona seus poderes, Lana questiona sua fragilidade e resolve tomar aulas de auto-defesa. O ex-namorado de Helen aparece trazendo problemas à doutora.

EPISÓDIO 20 - Witness
Um garoto que costumava não jogar bem, de repente se destaca no time de basebol do Smallville HighScool, o que leva Clark à suspeitar de algo estranho. Ele descobre que alguns rapazes da escola estão fazendo uso da kryptonita para aumentar a própria força. Clark terá de pará-los mas não será tão fácil quando a força dos rapazes é igual à sua. Na confusão, a sala do Torch é demolida e Lionel se oferece para reconstruí-la em troca de suspeitos favores de Chloe.

EPISÓDIO 21 - Accelerate
Lana e Clark se aproximam cada vez mais quando ela é assombrada pela aparição de Emily, sua melhor amiga na infância, que morreu afogada há mais de 6 anos. Ao contar para Clark, ele tenta ajudá-la a encontrar uma explicação mais lógica e ambos acabam descobrindo que a menina é na verdade o resultado de uma pesquisa genética com kryptonita que acelera o crescimento.

EPISÓDIO 22 - Calling
Clark e Lana finalmente ficam juntos, mas Lana tenta se afastar dele para não magoar Chloe e também por que tem dúvidas quanto a conseguir entender que ele tem segredos que não vai dividir com ela. Enquanto isso, O Dr. Walden, acorda. De maneira alucinada repete que "o dia está chegando". Ele afirma também que Clark é um alienígena e defende seu exterminio.

EPISÓDIO 23 - Exodus
Clark começa a ouvir a voz de seu pai biológico através da nave. Ele diz que se Clark não partir, todos os que ele ama irão se machucar. Desesperado, enquanto todos estão no casamento de Lex e Helen, Clark tenta destruir a nave, o que causa um terrível acontecimento em sua família. Desnorteado, ele põe seu anel de kryptonita vermelha e parte para Metrópolis, deixando tudo para trás e Lana aos prantos.

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