EPISÓDIO 01 - Exile
Já fazem três meses que Clark está em Metrópolis como Kal e ainda sob a influência da Kryptonita Vermelha. A única que sabe de seu paradeiro é Chloe, que acaba falando para Lana. Lana por sua vez, vai atrás de Clark em Metrópolis, quando ele reage de maneira estranha, Jonathan tenta uma perigosa conexão com Jorel a fim de trazer Clark de volta. Enquanto Lionel acusa Helen de ter planejado o desaparecimento de Lex, ele está perdido em uma ilha com um homem que tenta matá-lo, o que ele acaba descobrindo depois que era aluscinação.

EPISÓDIO 02 - Phoenix
Jonathan traz Clark de volta para casa em Smallville, mas Morgan Edge vai atrás dele à procura de um frasco que contém amostras de sangue misteriosas que Kal teria roubado da Luthor Corp, que por acaso eram de Clark. Ele se nega e entregar a amostra e avisa Morgan Edge que nunca mais volte, mas ele volta mesmo assim e ameaça a família de Clark inclusive Lana. Lex também está de volta e tenta descobrir quem planejou seu acidente: Helen ou Lionel?

EPISÓDIO 03 - Extinction
Van McNulty resolve matar todos os afetados pelos meteoros já que seu pai foi morto por Tina Greer. Só que ele descobre uma pesquisa de Chloe que o faz acreditar que Lex é um deles. Clark tenta ajudá-lo e acaba sendo atingido por uma bala de kryptonita.

EPISÓDIO 04 - Slumber
Clark começa a ter estranhos sonhos em que uma garota pede ajuda. Ele descobre que a garota é na verdade sua nova vizinha e está em coma há varios anos sob a guarda do tio. Clark e Lana se unem para descobrir a verdade e Lana acaba ficando em perigo. Lionel quer que Lex faça uma avaliação psicológica.

EPISÓDIO 05 - Perry
Perry White é um jornalista que chega à Smallville para investigar sobre possíveis alienígenas da chuva de meteoros para um jornal barato, depois de ter tido sua carreira destruída por Lionel Luthor. Devido à interferências solares os poderes de Clark estão saindo de controle e Perry acaba vendo Clark correr em alto velocidade e tenta expor os poderes de Clark.

EPISÓDIO 06 - Relic 1961
O tio avô de Lana que foi acusado de assassinar sua esposa há quarenta anos atrás, mostra a ela uma foto do homem que ele acredita que havia cometido o crime e ela se surpreende ao ver que ele se parece muito com Clark. Ao investigar, ele descobre que Jor-El esteve na Terra e através de um medalhão kryptoniano, que é uma espécie de diário, ele consegue assistir à vários episódios do passado, entre eles: o romance que ele viveu com Louise (tia avó de Lana) e também a morte dela e principalmente, descobre quem a matou.

EPISÓDIO 07 - Magnetic
Lana subtamente fica atraída por Seth, um estudante que se mete em uma briga no parque e acaba sendo atingido na cabeça por uma bola de vidro que continha krytonita. Clark que já estava preocupado, fica ainda mais quando Lana fica rebelde e acaba sendo presa. Ele descobre que Seth tem um magnetismo que pode mover obrjetos e influenciar os sentimentos humanos. Lex descobre que Clhoe está pesquisando sobre Lionel e tenta unir forças com ela.

EPISÓDIO 08 - Shattered
Lex descobre que Lionel e Morgan Edge estão foram parceiros em trapaças e jogos sujos. Antes que ele possa entregá-los à policia, alguém tenta matá-lo em sua mansão. Lex, amedrontado, pede ajuda à Clark, mas quando ele chega à mansão para investigar não há sinal de nada anormal. Ninguém sabe em quem acreditar quando Lex começa a ter comportamento estranho e Lionel afirma que ele está com um surto psicótico e precisa ser internado para tratamento.

EPISÓDIO 09 - Asylum
Lex está internado no hospital psiquiátrico e só depois de um mês Clark consegue autorização para visitá-lo. Lex planeja fugir e pede a ajuda de Clark e afirma também que sabe seu segredo. Quando ele se recusa a ajudar, Lex jura vingança. Lionel quer submeter Lex á terapia de choque, Clark tenta impedir mas é acaba sendo atrapalhado por três inimigos que estão também no hospício: Eric Summers (1.12 Leech), Ian Randall (2.09 Dichotic) e Van McNulty (3.03 Extinction) que se unem para destruir Clark. Enquanto isso, Lana conhece Adam na fisioterapia e ganha um estranho novo amigo.

EPISÓDIO 10 - Whisper
Clark descobre a super-audição quando, ao tentar impedir um assalto sofre um acidente com uma kryptonita e acaba ficando temporáriamente cego. Um dos assaltantes é preso e será julgado pela juíza Abigail Ross, mãe de Pete. Sabendo disso, Nathan o assaltante que conseguiu fugir, que tem uma estranha habilidade de vibrar as cordas vocais e causar um som extremamente alto e irritante, sequestra Pete e ameaça matá-lo caso sua mãe condene o assaltante.

EPISÓDIO 11 - Delete
Clark e Lana tentam matar Chloe sem nenhuma razão aparente após terem recebido misteriosos e-mails de Summerholt Institute.Chloe revela que tem provas de que eles estão realizando pesquisas para controlar mentes e percebe que eles podem estar tentando matá-la afim de evitar que ela escreva a respeito. Chloe vai escrever a respeito mas usará um pseudônimo: "Lois Lane", que ela afirma ser uma prima que não tem o menor interesse por jornalismo. Lana decide alugar o apartamento de cima do Talon para Adam mesmo sentindo que ele esconde algo muito perigoso sobre seu passado.

EPISÓDIO 12 - Hereafter
Smallville High tem um novo aluno. Ele tem o poder de prever a morte das pessoas através do toque. Jordan vê a morte do treinador Altman e Clark consegue impedi-lá. Mas Altman não queria mais viver já que sua filha havia morrido. Ele ouve Lana e a amiga comentarem que foi delas a culpa e decide matá-las a fim de vingar a morte da filha.

EPISÓDIO 13 - Velocity
Jonathan começa a sofrer as consequências de seu trato com Jor-El, sofre um ataque do coração e acaba parando no hospital. Pete está participando de corridas com carros invenenados com kryptonita. Dante parece incomodado e oferece a ele dinheiro se perder. Quando Pete ganha a corrida, Dante ameaça sua vida. Apavorado, ele pede à Clark que use seus poderes para lhe salvar. Clark fica furioso por Pete tê-lo colocado nessa situação e tenta descobrir uma maneira de ajudá-lo sem expor seu segredo. Lana descobre alguns segredos sobre Adam.

EPISÓDIO 14 - Obsession
Alicia descobre sobre os poderes de Clark. Ele por sua vez descobre que ela pode se teletransportar, já que foi infectada por meteoros. Ele chega a achar que ela é a garota certa para ele. Mas as coisas vão mal quando ela se torna obsecada. Lana pede para Lex investigar Adam pois quer um motivo para expulsá-lo. A verdade sobre Adam é descoberta.

EPISÓDIO 15 - Resurrection
Enquanto seu pai espera a cirurgia do coração, Clark se torna amigo de um garoto chamado Garrett cujo irmão Vincent espera também por um doador de fígado. Vincent acaba morrendo mas é ressussitado pela mesma equipe que o fez com Adam, usando células do sangue de clark. Mas como o efeito não dura muito, Garrett fica descontrolado e promete explodir o hospital com uma bomba se não tirarem o fígado de Jonathan para salvar o irmão.

EPISÓDIO 16 - Crisis
Clark fica frustrado ao receber uma ligação de Lana desesperada e a ligação termina com um tiro. Ao procurá-la, ele vê que Lana está bem e que nada aconteceu. Ao investigar, Clark descobre que um poste caiu próximo a pedras de kryptonita o que ocasionou a viagem no tempo da ligação que seria na verdade do dia seguinte e descobre também que é Alam quem dispara o tiro contra Lana. Seus amigos vão tentar mantê-la protegida mas Adam vai encontrá-la.

EPISÓDIO 17 - Legacy
Quando Jonathan começa a agir de forma estranha, Clark acredita que Jor-El está enviando mensagens através da chave e está causando o afastamento de seu pai da família. Clark vai até as cavernas para confrontar seu pai biológico quando Lionel o vê e junta as peças, que leva até o dr. Swann onde um trato é fechado e as verdadeiras intenções de Lionel são reveladas.

EPISÓDIO 18 - Truth
Chloe está pesquisando sobre o nível 3 LuthorCorp quando acidentalmente inala um misterioso krypto-gas, ela descobre que ele atua como um soro da verdade com qualquer um que entra em contato com ela. Por conta disso, Pete confessa seus sentimentos por ela e que nunca de declarou pois sabe que ela é apaixonada por Clark. Mas, o poder de Chloe vem com consequencias desastrosas e Clark precisa descobrir o antídoto antes que ela descubra seu segredo ou pior, acabe morrendo.

EPISÓDIO 19 - Memoria
Este episódio trata das lembranças de Lex e Clark quando ambos visitam instituto Summerholt com o Dr. Garner.É cheio de FlashBacks que mostram o passado de ambos e também nos deixa saber várias coisas interessantes sobre o passado dos mesmos. Entre elas podemos ver os pais de Clark, Jor-El e Lara e também Lillian a mãe de Lex.

EPISÓDIO 20 - Talisman
O episódio tem como centro um talismã ou amuleto que tem relação com as cavernas Kawatche. Conta também a aparição de um outro nativo americano chamado Jeremiah Holdsclaw.

EPISÓDIO 21 - Forsaken
Quando Lana anuncia que vai partir de smallville, Clark decide contar seu segredo para que eles finalmente possam ficar juntos. Mas um agente do FBI tortura Pete afim de que ele conte o segredo de Clark o que o faz mudar de idéia. Enquanto isso, Emily (2.21 Accelerate) consegue fugir e vai de encontro a Lana. Como Emily está mais velha, sua aparência mudou e quando Lana percebe quem ela é, já é tarde demais. Emily sequestra Lana e tenta ficar em seu lugar, enquanto os outros acham que Lana foi embora para Paris como dizia que iria.

EPISÓDIO 22 - Covenant
Kara, aparece na casa de Clark, uma garota com super poderes que afirma ser de Krypton que veio para fazer Clark cumprir seu destino. A misteriosa Kara força Jonathan a revelar o trato que ele havia feito com Jor-El. Clark faz uma descoberta que vai mudar seu relacionamento com Lex. O relacionamento de Clark e Lana dá a virada final.