EPISÓDIO 01 – Crusade
Há mais de dez anos atrás, um chuva de meteorito caiu do céu, "choveu" destruição no pequeno povoado de Smallville, Kansas. Com o transcorrer dos anos os habitantes ficaram marcados com cicatrizes e segredos. Das cinzas da tragédia surgiu Clark Kent, que agora é um adolescente. Os guardiões do segredo de Clark são seus pais adotivos, Jonathan e Martha Kent. O conhecimento de que sua vida pode estar fora de controle obrigou Clark a se distanciar de Lana, a mulher que ele ama. Durante os últimos anos, Clark e Lex mantiveram uma grande amizade. Apesar deles não saberem, o destino destes dois amigos, se encarregará de mudar isso.
Clark volta de uma região fantasmagórica para Smallville, possuído por Kal-El, seu auto ego de criptonita. Kal-El quer realizar seu objetivo, por isso tenta roubar uma poderosa pedra de criptonita. Enquanto isso, Lois Lane chega a Smallville para investigar o assassinato de sua prima Chloe. Lana volta de Paris com um comportamento diferente e traz com ela seu novo namorado, Jason Teague. Jonathan está em coma depois de sua dramática experiência nas cavernas. E Lionel enfrenta o fato de ter que passar seu futuro na prisão.

EPISÓDIO 02 – Gone
Clark e Lois investigam o suposto assassinato de Chloe, mas o pai de Lois, o General Sam Lane, tenta impedi-la. Lois suspeita que seu pai saiba mais do que diz sobre a morte de Chloe, e Clark descobre que Sam entrou em contato com Lex recentemente. Jason chega de Paris e convence Lana a aceitá-lo como noivo. Suspeitando que Chloe esteja viva, Lionel manda um assassino, com o poder de trocar seus braços e pernas por armas metálicas poderosas, para não permitir que Chloe testemunhe contra ele.

EPISÓDIO 03 – Facade
Clark precisa enfrentar um inimigo mas, desta vez o inimigo tem a forma de uma tímida bacharel, que vai a um cirurgião plástico para fazer uma operação em seu rosto. Sua intenção é ser mais popular na escola. Entretanto, as coisas não saem como ela esperava, quando descobre que sua beleza foi criada graças a criptonita e por isso ninguém pode aproximar-se dela e beijá-la. Então, ela decide que sua próxima vítima será Lana. Enquanto isso, Jason e Lana continuam escondendo seu relacionamento de Clark.

EPISÓDIO 04 - Devoted
Clark entra para a equipe de futebol americano do colégio e rapidamente lhe dão a posição de atacante principal depois do antigo jogador da mesma posição brigar com com Jason, o novo treinador. Clark e Lois ficam curiosos por causa das mudanças bruscas que notaram em seu velho companheiro e decidem investigar e descobrem que as cheerleaders da equipe de futebol estão envenenando os jogadores com água misturada com criptonita, transformando-os em monstros.

EPISÓDIO 05 - Run
Depois que roubam a carteira de Jonathan, Clark usa seus poderes de rapidez para poder agarrar o ladrão e se surpreende quando não consegue. Bart, o ladrão, mais conhecido como The Flash, mais tarde aparece na fazenda para tentar falar com Clark e lhe propõe ir embora com ele de Smallville, unindo seus poderes. Enquanto isso, Lex compra um manuscrito emoldurado, que não tem preço, com símbolos criptonitianos e Clark percebe que ali existe um mapa misterioso escondido. Entretanto, quando Bart rouba o manuscrito de Lex, ele sem querer põe a vida de Clark em perigo e precisa tomar uma decisão: sem salvar Clark ou a ele mesmo.

EPISÓDIO 06 – Transference
Clark ouve um som muito agudo e sente a necessidade de ir visitar Lionel na prisão. Quando vê como Lionel tenta apunhalar Lex com uma pedra brilhante muito estranha, Clark agarra a pedra, o que faz com que Lionel e Clark sofram a uma mutação de corpos. Depois de descobrir que seu novo corpo tem poderes, Lionel começa a colocar em prática seu plano de destruir Smallville. Enquanto isso, Clark preso ao corpo de Lionel na penitenciária, e sem poderes, precisa encontrar a forma de voltar ao seu verdadeiro corpo e salvar a sua família e os seus amigos.

EPISÓDIO 07 – Jinx
Chloe está em um grupo de jogo obscuro de apostas, comandado por um estudante de intercâmbio, Mikail Mxyptlk. Clark tropeça e fere um jogador em campo, levando-o a suspeitar que alguém ou alguma coisa fora do comum está agindo. Chloe e Clark investigam e descobrem que Mikail que tem poderes para manipular os jogadores, inclusive Clark. Ao tentar interferir nos planos de Mxyptlk Chloe é seqüestrada por ele, que ameaça matá-la se Clark não perder o jogo. Enquanto isso, Lex ameaça deportar Mxyzptlk se ele não usar seus poderes em benefício de Lex.

EPISÓDIO 08 – Spell
Depois de Lana ler um livro escrito em meados de 1600 contendo feitiços mágicos, ela, Lois (atriz coadjuvante convidada ERICA DURANCE) e Chloe acabam sendo possuídas por bruxas, que tinham sido queimadas em um queimadeiro. As três bruxas voltaram para buscar por vingança e enquanto procuram por cristais poderosos de criptonita, provocam a maior destruição na cidade. Clark tenta impedir as bruxas, mas elas o privam de seus poderes e o forçam a revelar a localização do cristal que ele escondeu na caverna.

EPISÓDIO 09 – Bound
Depois de Lex ser acusado de matar uma jovem, Clark parte para provar sua inocência e pede a ajuda de Lionel, mesmo sabendo que isso pode não ser possível. Jurando ser um novo homem, Lionel mostra o outro lado do crime para Clark, mas pede algo em troca. Enquanto isso, Lana conhece os pais de Jason e tem um vívido flashback do incidente em Paris, quando ela fez uma tatuagem. Lana suspeita que a mãe de Jason, Genevieve (atriz coadjuvante convidada JANE SEYMOUR "Uma Mulher Contra Todos," "Em Algum Lugar no Passado"), estava presente quando Lana fez sua tatuagem.

EPISÓDIO 10 – Scare
Uma experiência secreta que está sendo conduzida por Lex na Luthor Corp. parece estar terrivelmente arruinada e causa a liberação de uma perigosa toxina no ar. Os moradores de Smallville estão infectados pela tal toxina, inclusive Clark, Lana, Lex e Jason. Eles imaginam seus maiores medos, daí seus medos se transformam em realidade e acabam entrando em coma. Desesperado para encontrar uma cura para esta terrível doença, Clark doa um pouco de sangue para Lex e fica atordoado com o que seu amigo faz com o antídoto.

EPISÓDIO 11 – Unsafe
Alicia recebe alta do hospital psiquiátrico Belle Reve e volta para Smallville para tentar recuperar sua relação com Clark. No princípio Clark não confia nela, mas ele percebe que gosta da idéia dela conhecer seu segredo. Entretanto, ela decide que quer mais e usa a criptonita vermelha para fazer com que ele se apaixone por ela. O "Clark malvado" vai para Las Vegas para se casar e Lana decide ter relações sexuais com Jason para não perdê-lo.

EPISÓDIO 12 – Pariah
Quando Lana e Jason são atacados e quase mortos, a primeira suspeita é Alicia. E mesmo que Clark se negue a acreditar nisso, novas evidências o obrigam a aceitar essa possibilidade. Alicia, magoada pela situação, decide tornar público os poderes de seu namorado.

EPISÓDIO 13 – Recruit
A Universidade de Metrópolis quer recrutar Clark para sua equipe de futebol americano. Enviam então Geoff Johns, a estrela da equipe, para que o convença a aceitar o convite, porém depois que um dos jogadores morre misteriosamente e prenderem Lois pelo o crime, Clark descobre que Geoff não é tão normal como parecia. Enquanto isso, Chloe continua observando Clark para descobrir mais sobre seu segredo.

EPISÓDIO 14 – KRYPTO
Despois que Lois acidentalmente atropela um cachorro, ela o leva para a fazenda para curá-lo. Clark se dá conta de que o animal tem super poderes quando o cachorro levanta um carro para buscar uma bola. Clark e Lois descobrem que o cachorro é o resultado de um experimento feito pela corporação Luthor e que, apesar da experiência ter sido abortada, ele está sendo utilizado para fins criminosos. Porém, quando seqüestram Lois, e Clark está debilitado por conta da criptonita, só resta o cachorro para salvá-los. Enquanto isso, Lana questiona a participação de Jason nas intrigas de sua mãe, Genevieve.

EPISÓDIO 15 – Sacred
Clark e Lana ficam sabendo que Jason e Lex estão na China procurando por cristais misteriosos e decidem segui-los com a esperança de conseguir encontrar os cristais antes deles. Clark descobre um artefato que os leva aos cristais, mas ele precisa lutar contra Isabel, a bruxa, que numa outra oportunidade entra no corpo de Lana para poder ficar em poder do cristal. Em meio a tanta confusão, descobrimos que Lex sabe muito mais a respeito dos cristais do que quer admitir.

EPISÓDIO 16 – Lucy
A irmã menor de Lois, Lucy, com quem Lois não se dá muito bem, chega à Smallville para uma visita e todos a acham encantadora. Entretanto, Clark descobre um lado obscuro de Lucy depois de surpreendê-la roubando dinheiro de um bar. Clark a obriga a revelar o verdadeiro motivo de sua visita repentina… uma verdade que coloca Lois em grande perigo. Ao mesmo tempo, o cristal desaparece do apartamento de Lana e Jason acusa Lionel de tê-lo roubado.

EPISÓDIO 17 – Onix
 Uma explosão faz com que Lex divida-se em dois e libere seu lado maligno, Alexander, é revelado. Alexander prende Lex na mansão e começa uma agitação tentando matar Clark e Chloe no laboratório, tenta convencer Lionel de retornar ao seu lado obscuro e parte pra cima de Lana, ameaça fechar o Talon se a mesma não for morar com ele.

EPISÓDIO 18 – Spirit
Chloe se surpreende por ser indicada para ser a rainha da formatura. Ela tenta convencer os seus amigos Clark e Lana para irem ao baile com ela. Dawn Stiles, a rival de Chloe na eleição da rainha, destrói seu carro em um barranco cheio de criptonita. Em seguida, seu espírito é liberado e se apodera de outros corpos, fazendo com que as pessoas ajam de forma estranha. Em conseqüência, Lana pede para Clark que seja seu acompanhante no baile, Lois vai à festa e Chloe tenta incendiar a escola. Como presente aos formandos, Lex leva a banda LIFEHOUSE para tocar no baile.

EPISÓDIO 19 – Blank
Kevin Grady (JONATHAN BENNETT) tem o poder de fazer com que as pessoas percam a memória. Kevin descarrega seu poder sobre Clark, provocando nele uma amnésia total. Chloe descobre a desorientação de Clark e lhe conta que ele possui super poderes, ao mesmo tempo em que tenta evitar que Clark os revele à outras pessoas acidentalmente. Assim que Clark conhece Lana, apaixona-se por ela e decide compartilhar seu segredo com ela. Aproveitando a oportunidade, Lex tenta convencer Clark a lhe mostrar onde estão escondidas as três pedras.

EPISÓDIO 20 – Ageless
Clark e Lana encontram um bebê abandonado em um milharal e o levam para a fazenda dos Kent. Mas quando o recém nascido se transforma em um menino de sete anos em poucos dias, Clark e Lana procuram freneticamente uma cura, antes que a doença do envelhecimento o mate rapidamente. Genevieve ordena a Lionel que mate Lana ou, do contrário, o mandará de novo para a prisão.

EPISÓDIO 21 – Forever
O fotógrafo do jornal The Torch, Brendan Nash, organiza um ambiente de "colegial" simulado e secreto e seqüestra alguns companheiros -começando por Chloepara manter para sempre os gloriosos dias de escola secundária. Lex e Lionel são seqüestrados e torturados por Jason e Genevieve, que exigem que lhes digam onde está seu cristal perdido. Porém, quando se dá conta de que Lana possui o elemento, Genevieve decide terminar definitivamente sua batalha com Lana.

EPISÓDIO 22 – Commencement
Um pesadelo serve como um aviso para Clark de que alguma coisa terrível está para acontecer e o leva a descobrir o porquê dele ter sido enviado para a Terra. Jor-El o adverte que de se não reunir os três cristais imediatamente, nem mesmo Clark sobreviverá ao enorme desastre que devastará o planeta. Lex ajuda Lana a escapar e tenta roubar um dos cristais de Lionel. Chloe tenta impedir que Lex descubra a conexão entre os elementos e Clark.